연도 중간에 회사를 그만두면 연말정산은 다음 해 2월이 아니라 퇴직하는 달 급여를 받을 때 회사가 해 줍니다. 다만 이때 보험료·의료비·교육비 같은 공제를 넣지 못하는 경우가 많아, 빠진 공제는 다음 해 5월 종합소득세 신고나 경정청구로 챙겨야 합니다.
이 글은 2026년 11월 8일 국가법령정보센터의 소득세법·국세기본법 조문과 국세청 안내를 확인해 작성했습니다. 신고 전에 공식 안내를 다시 확인하세요.
중도퇴사자 연말정산은 언제 하나요
소득세법 제137조에 따르면 회사(원천징수의무자)는 계속 근무하는 사람은 다음 해 2월분 급여를, 퇴직자는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 합니다.
이때 정산 기간은 그해 1월 1일부터 퇴직하는 날까지입니다. 국세청 원천세 안내에도 "근로자가 중도 퇴직하는 경우 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에 연말정산을 실시"한다고 나와 있습니다.
연말정산 전체 항목은 연말정산 2027 총정리에서 한 번에 볼 수 있습니다.
공제신고서를 안 내면 어떻게 되나요
퇴사할 때 소득·세액공제 신고서를 내지 않으면 회사는 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용해 정산합니다(소득세법 제137조 제3항).
부양가족 기본공제, 의료비·보험료·교육비 세액공제 등은 이 단계에서 빠질 수 있습니다. 부양가족 조건은 연말정산 기본공제 대상자 조건 글을 참고하세요.
퇴사 후 쓴 의료비·보험료도 공제되나요
국세청 특별세액공제 안내에 따르면 과세기간 중 중도취업 또는 중도퇴사한 사람은 근로제공기간 동안 지출한 비용에 한해 특별세액공제를 받습니다. 단, 기부금은 이 제한에서 제외됩니다.
예를 들어 6월 30일에 퇴사했다면 7월 이후 병원비는 일반적으로 의료비 세액공제 대상이 아니라고 보면 됩니다(예시). 의료비 공제 기준은 의료비 세액공제, 기부금은 기부금 세액공제 한도·공제율 글에 정리했습니다.
5월 종합소득세 신고로 빠진 공제 챙기기
종합소득이 있는 사람은 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고를 합니다(소득세법 제70조). 2026년 귀속 소득이라면 2027년 5월입니다.
근로소득만 있는 사람은 확정신고를 "하지 아니할 수 있다"(제73조 제1항)고 되어 있어 의무는 아니지만, 퇴사 때 빠진 공제를 반영하려면 이 기간에 직접 신고하는 방법이 있습니다.
한 해에 회사를 두 곳 다녔다면
2명 이상으로부터 근로소득을 받은 사람은 근로소득만 있더라도 확정신고 예외가 적용되지 않습니다(소득세법 제73조 제2항). 다만 합산 연말정산 등으로 더 낼 세액이 없는 경우는 예외입니다.
같은 해에 재취업했다면 새 회사 연말정산 때 이전 회사의 근로소득 원천징수영수증을 함께 내는지 회사 담당자에게 먼저 확인하세요. 합산 정산이 안 됐다면 5월 신고 대상이 될 수 있습니다.
5월도 놓쳤다면 경정청구
국세기본법 제45조의2에 따라 연말정산으로 세금을 낸 근로자도 경정청구를 할 수 있고, 기한은 연말정산세액 납부기한이 지난 후 5년 이내입니다.
퇴사 때 공제를 못 받은 사실을 늦게 알았더라도 이 기간 안이면 환급을 청구할 수 있습니다. 신용카드·연금저축 공제는 신용카드 소득공제, 연금저축·IRP 세액공제 글에서 확인하세요.
계속 근무자와 중도퇴사자 비교
| 구분 | 계속 근무자 | 중도퇴사자 |
|---|---|---|
| 연말정산 시기 | 다음 해 2월분 급여 지급 때 | 퇴직하는 달 급여 지급 때 |
| 정산 기간 | 1월 1일~12월 31일 | 1월 1일~퇴직일 |
| 공제신고서 미제출 시 | 본인 기본공제·표준세액공제만 | 본인 기본공제·표준세액공제만 |
| 보험료·의료비·교육비 | 해당 연도 지출분 | 근로제공기간 지출분만 |
| 기부금 | 해당 연도 지출분 | 근로제공기간 제한 없음 |
| 빠진 공제 보완 | 5월 신고·경정청구 | 5월 신고(2027.5.1~31)·경정청구 5년 |
출처: 소득세법 제70조·제73조·제137조, 국세기본법 제45조의2, 국세청 특별세액공제 안내(2026.11.8 확인)
자주 묻는 질문
Q. 퇴사하면 연말정산을 따로 해야 하나요?
회사가 퇴직하는 달 급여를 줄 때 1월 1일부터 퇴직일까지의 근로소득으로 연말정산을 합니다(소득세법 제137조).
Q. 퇴사 후 병원비도 의료비 공제가 되나요?
국세청 안내상 중도퇴사자는 근로제공기간에 지출한 비용만 특별세액공제를 받습니다. 기부금은 예외입니다.
Q. 근로소득만 있으면 5월 신고를 꼭 해야 하나요?
의무는 아닙니다(제73조 제1항). 다만 한 해에 두 곳 이상에서 근로소득을 받고 합산 정산을 하지 않았다면 신고 대상입니다(제73조 제2항).
Q. 5월 신고 기간을 놓쳤어요?
연말정산세액 납부기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2).
Q. 공제신고서를 안 내고 퇴사하면?
본인 기본공제와 표준세액공제만 적용돼 정산됩니다(제137조 제3항).
문의처
국세상담센터 국번 없이 126(평일 9시~18시, 국세청 누리집 안내)
참고 자료
- 국가법령정보센터 소득세법 제137조(근로소득세액의 연말정산)
- 국가법령정보센터 소득세법 제73조(과세표준확정신고의 예외)
- 국가법령정보센터 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구)
- 국세청 의료비·보험료 세액공제(특별세액공제) 안내
- 국세청 근로소득 세액계산 방법
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